中共梅州市委黨校實行校務委員會領導體制，校長由市委常委、組織部部長兼任，領導學校全面工作。常務副校長按同級黨委部門正職干部選配，負責主持日常工作。

中共梅州市委黨校設立機關黨委，負責學校的黨務工作。

中共梅州市委黨校下設12個內設機構：辦公室、教務部、科研部（市情研究中心、馬克思主義研究所）、行政部、圖書資料部、電教信息部、培訓一部、培訓二部、哲學教研部、經濟學教研部、公共管理學教研部、黨史黨建教研部。